Karbonhidratların sindirimi ağız boşluğunda başlar ve çeşitli besinlerin emildiği bağırsakta devam eder.Bu işlemin amacı, disakkaritlerin, oligosakkaritlerin ve polisakkaritlerin, onları oluşturan tek tek monosakkaritlere hidrolizidir. bağırsak mukozası tarafından emilebilir. Söylendiği gibi, glikoz ve fruktoz gibi diyetle verilen şekerler herhangi bir sindirim işlemi gerektirmez ve bu şekilde emilir. Özellikle glikoz aktif taşıma ile emilirken, fruktoz kolaylaştırılmış difüzyonla bağırsak mukozasını geçer; Levülozun daha yavaş emildiğini ve bunun da glisemik indeksin düşmesine katkıda bulunduğunu takip eder.
Dengeli bir diyette alınan kompleks karbonhidratların en önemli kısmını nişasta oluşturur; lineer (amiloz) ve dallı (amilopektin) şekilde birbirine bağlı birçok glikoz biriminden oluşur ve esas olarak patates, baklagiller, tahıllar ve makarna ve ekmek gibi türevler yoluyla verilir. Sindirimi, maltoz ve izomaltozu (sırasıyla α-1,4 ve α-1,6 bağlarıyla birleştirilen iki glikoz biriminin birleşmesiyle oluşan disakkaritler) salan tükürük α-amilazları tarafından saldırıya uğradığı ağızda başlar. maltotrioz (bu sefer üç glikoz molekülü vardır) ve dekstrinler (bir dal varlığı ile 7-9 birim glikoz) ağız boşluğu.
Mide ortamını karakterize eden asit nedeniyle tükürük α-amilazlarının aktivitesi midede durur.Karbonhidratların sindirimi pankreas ve bağırsak sularının birleşik etkisi sayesinde ince bağırsakta devam eder ve tamamlanır. nişastayı maltoza ve dekstrinlere dönüştüren tükürüktekine benzer bir a-amilaz enzimi. Bunlar pankreatik amilazlar tarafından hidrolize edilemezler ve ince bağırsağın epitel hücrelerinde bulunan özel deramifiye edici enzimlerin (α-1,6 glikosidaz, α-dekstrinaz veya izomaltaz) etkisine maruz kalırlar. Bu seviyede disakkaritlerin sindiriminde rol oynayan başka enzimler buluruz; örneğin sükraz, bir sükroz molekülünden başlayarak glikoz ve fruktoz oluşumuna yol açar ve maltaz enzimi ile sinerji içinde maltoz ve maltotriozun hidrolizini sağlar; son olarak, laktaz süt şekerini glikoz ve galaktoza parçalayarak sindirir (yetişkinlikte, özellikle siyah popülasyonlarda çok yaygın olan bu enzimin eksikliği, laktoz intoleransından sorumludur).
Karbonhidratların onları oluşturan monosakkaritlere sindirilmesi tamamlandığında, şekerler emilmeye hazırdır. Beklendiği gibi, bu emilim kolaylaştırılmış difüzyon (fruktoz) veya aktif taşıma (glikoz, galaktoz) ile gerçekleşebilir.
Diyetle alınan tüm karbonhidratlar sindirilebilir değildir ve nişastanın kendisi bile, özellikle çiğ ise, sindirimi zor olabilir. Baklagiller gibi bazı sebzeler, örneğin sindirilemeyen oligosakkaritler (rafinoz, verbascose ve stachyose) içerir. Aynı şey, selüloz da dahil olmak üzere diyet lifi için de geçerlidir. Bu karbonhidratların sindirimi, geviş getiren hayvanlar gibi diğer hayvanlar ve kalın bağırsağımızdaki bakteriler için mümkündür. Bu mikroorganizmalar, kolon mukozası için müshil, trofik bir etkiye sahip ve tüm organizmanın genel sağlığı için değerli olan yağ asitleri üreten diyet lifini fermente eder.